目前瘦型脂肪肝的病因及發病機制暫不明確，基因、代謝失調、生活方式、骨骼肌萎縮、腸道菌群改變在瘦型MAFLD中起重要作用。

  據部分研究，將瘦型MAFLD和非瘦型MAFLD患者進行比較，PNPLA3(G)等位基因在瘦型脂肪肝個體中的患病率較高。TM6SF2(T)2和IFNL3/IFNL4(C)等位基因在瘦型脂肪肝患者中的患病率也有所增加。

   與肥胖背景下的NAFLD相似，胰島素抵抗似乎是瘦型NAFLD發病機制中的一個關鍵因素。研究表明，與非NAFLD受試者相比，患有NAFLD的非肥胖受試者更有可能出現胰島素抵抗。在非肥胖、非糖尿病個體中，瘦型非酒精性脂肪肝與胰島素抵抗相關，與代謝綜合征的其他成分無關。在最近的一項前瞻性隊列研究中，將健康的瘦受試者與瘦的NAFLD或肥胖的無糖尿病的NAFLD的受試者進行比較，瘦的NAFLD與糖耐量受損和脂聯素水平降低有關，這與肥胖的NAFLD幾乎相同。

此外，高血尿酸水平增加瘦胸脂肪肝發生率。在對 11項研究的Meta分析中，發現血尿酸與瘦型NAFLD之間存在顯著的相關性，并且血尿酸水平最高組與血尿酸水平最低組相比MAFLD的風險增加了近2倍。

高果糖、高膽固醇的攝入對瘦型MAFLD發病有重要作用。軟飲料/甜味飲料攝入量與肝脂肪變性有關，攝入過量飲料和肉也被認為是校正BMI 后引起瘦型 MAFLD的危險因素。我國一項對工人進行的橫斷面流行病學研究，調查坐著時間與NAFLD之間的關系，在調整混雜因素后，久坐時間(>7.1小時/天)與NAFLD患病率相關。結果表明，坐位時間越長(>7.1小時/天)，NAFLD患病率越高。另一項在中國人群中進行的病例對照研究觀察了體力活動和非酒精性脂肪肝之間的劑量-反應關系。研究報告稱，在調整了BMI、高血壓、糖尿病、空腹血糖和久坐時間后，男性的體力活動與NAFLD的風險呈劑量依賴性負相關。

骨骼肌含量可以用來判斷代謝穩態。非酒精性脂肪性肝病患者經常伴有肌肉減少和脂肪增多（肌少癥性肥胖）。骨骼肌在胰島素介導的葡萄糖代謝過程中起到了重要的作用。骨骼肌的減少可能導致胰島素抵抗和MAFLD。一項在韓國首爾對健康體檢受試者10年的隨訪研究發現，瘦型MAFLD患者的四肢骨骼肌質量降低與MAFLD的發生顯著相關，而肥胖者的四肢骨骼肌質量降低與MAFLD的發生關聯性不是很顯著。

據相關研究，瘦型脂肪肝有明顯的代謝和腸道微生物區系，賴氨酸濃度較高，與內臟脂肪堆積有關。另一項研究報道，患有NAFLD的患者膽汁酸和法尼類X受體(FXR)活性增加(以成纖維細胞生長因子15/19衡量)，這意味著他們具有更好的代謝適應能力，可能相對耐肥胖。值得注意的是，這種適應隨著疾病的進展而減弱。瘦型脂肪肝患者可能有明顯的腸道微生物區系特征，富含與肝臟脂肪生成有關的物種。在巴西一項小樣本研究中發現，瘦型脂肪肝患者的糞桿菌屬（Faecalibacterium）和瘤胃球菌屬（Ruminococcus）的豐度比肥胖型脂肪肝患者降低了3倍，而且消瘦組的乳桿菌的豐度相對不足。